مركز همكاري علمي - پژوهشي در ساختار معاونت پژوهشي، صورت كمال يافته ستاد ديدار هاي علمي و آموزش محققان است. اين مركز براي دستيابي به اهداف پژوهشكده علوم اسلامي و مطالعات ميان رشته اي برنامه  هاي زير را طراحي و اجرا كرده است:

1-نشست هاي علمي گزارش و نقد ايده‌ها و پژوهش‌هاي نو

تلاشي براي بازخواني و ارزيابي ايده‌هاي تازه در سطح فراگير محافل علمي حوزوي و دانشگاهي

2- همايش ها
هم انديشي هايي با دعوت از اساتيد با تجربه و صاحب نظر در موضوعات چالش برانگيز كلان و معرفتي و اجتماعي

3- گفتمان هاي علمي فرهيختگان
تلاش در جهت ايجاد بسترهاي لازم براي گفتمان علمي فرهيختگان و صاحبان انديشه ديني